杭州永福寺位于灵隐寺西约一华里处的石笋峰下，自东晋慧理禅师开山至今，已有1600多年的历史。据清康熙年间《杭州府志》卷三十二《寺观》载，永福寺坐落于飞来峰呼猿洞对面的形胜山下，旧分上下两寺，与下天竺（旧称翻经院）等寺一样，同为慧理禅师开山创建。据载，东晋咸和元年（326年），西印度高僧慧理来杭卓锡筑庵，接连兴建了灵鹫，灵隐等十座道场，永福寺是其中之一，距今已有1600多年的历史。
南朝刘宋元嘉年间（公元424—453年），有慧琳禅师继慧理开山后筑庵于石笋峰下。
后晋天福二年（937年），吴越王钱元瓘于石笋峰下建晋圆院，又与山同名为资严寺。
北宋大中祥符元年（1008年），敕改额为永福寺。
北宋熙宁年间（1068—1077），郡守祖无择爱石笋之胜，乃于寺旁建庵，名邺公庵。
北宋时期，永福寺内方丈四壁多有赵阅道、苏东坡、秦少游等人的留题与竹画。
南宋咸亨年间（1265—1274），宋度宗之母隆国夫人据永福寺为香火院，并斥资扩建，宏规巧构，丹矆相辉，碧光琉璃瓦覆盖于顶。逝后以寺超然台为葬，移寺于西，自此一寺两院。
元至元年间（1335—1340），清凉山僧人正宗卓锡东院，因其常衣白衲，人称白衲庵。
明成化二年（1466），僧人古香于上院建海日楼。后于弘治年间（1488—1505），寺被洪水淹废。
明万历年间（1572—1620），寺得复兴，由徐宏基题额为“永福禅林”。
清顺治年间（1644—1661），僧静昭驻锡复兴。
清康熙十年（1671），东皋心越禅师移住永福，五年后，应邀东渡日本，弘传曹洞宗并创寿昌派禅法，同时传授琴学与书画篆刻艺术，在日本佛教及艺术界均享有盛誉。永福寺随后渐废。
清乾隆四十四年（1779）年，永福寺依原有规模重建，后又渐废。
2001年根据杭州市政府90号专题会议纪要精神，由杭州市佛教协会恢复重建并于2003年6月正式动工。
2003年，根据杭州市佛教协会三届四十七次常务理事会通过，由月真法师任永福寺监院。
2005年4月22日，经浙江省民宗委批准，恢复永福寺为宗教活动场所，即将正式对外开放。
2015年3月24日，浙江省杭州市永福寺举行念顺法师荣膺方丈升座庆典暨禅宗高僧墨迹展。念顺法师现为杭州永福寺方丈、杭州市佛教协会副会长。
2018年12月29日至30日，永福寺为纪念永重建开放十周年，在杭州市政府、市宗教局，中国昆剧古琴研究会、杭州市宗教研究会、杭州市佛教协会的指导下，举办了“2018永福寺重建开放十周年《东皋琴谱》古琴打谱会暨心越琴书社揭牌典礼”。来自美、俄、日及港台地区的国内国际书画界、音乐界近百位知名学者专家以及诸山长老大德参与了佛教文化艺术的盛会。
2017年和2019年中国佛教协会两次在永福寺举办佛教书画艺术高级研修班。经中共中央办公厅批复，中国佛教协会在永福寺设立中国佛教书画艺术交流基地。